Le protocole du SPIPOLL consiste à choisir une plante en fleur et à photographier tous les insectes qui s'y posent sur une durée de 20 minutes et dans un rayon de 5 mètres. Avoir des connaissances sur les insectes et les fleurs n'est pas nécessaire pour participer. Les photos peuvent être faites dans un jardin, dans un parc public ou tout simplement sur un parterre de fleurs, préférentiellement situé sur le territoire de Bordeaux Métropole et de la Nouvelle-Aquitaine.

Les « collections de photos » doivent ensuite être partagées sur le site internet du SPIPOLL (www.spipoll.org) et sont accessibles à tous les visiteurs du site. L’identification des fleurs et des insectes se fait à l'aide d'une clé d'identification, suivie d'un système de validation des identifications par la communauté du SPIPOLL. Objectif : découvrir et partager la variété des insectes pollinisateurs autour de chez soi tout en s'amusant.